LAMMPs学习教程

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0.简介

LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一种用于分子动力学模拟的软件包，它可以模拟原子和分子的运动行为。在安装 LAMMPS 时需要安装 FFTW（Fastest Fourier Transform in the West）和 MPICH（Message Passing Interface for parallel computing）是因为：

FFTW：LAMMPS 在某些模拟中需要使用傅里叶变换来计算粒子间的相互作用或者处理周期性边界条件。FFTW 是一个高效的库，用于执行快速傅里叶变换，LAMMPS 中的一些功能需要依赖它来进行计算，以提高模拟的效率和精度。
MPICH：LAMMPS 被设计为一个可以在并行计算环境中运行的软件，能够利用多个处理器或多个计算节点来加速模拟。MPICH 是一种用于消息传递接口（MPI）的实现，它允许不同处理器之间进行通信和协调工作，从而使 LAMMPS 能够在并行计算环境中运行，并有效地利用计算资源。
因此，安装 LAMMPS 时需要安装 FFTW 和 MPICH 是为了确保其能够在需要时使用这些库和工具，以实现高效的模拟并在并行计算环境中运行。

1.总体操作步骤

1）注册曙光智算（百度搜索，手机号注册）
2）登录，点击命令行，进入命令行界面，出现如下字符
[aclvypcf4t@login02 ~]$

含义：这个提示符告诉你：你（用户名 aclvypcf4t，因人而异）正在 login02 这台机器上，并且当前位于你的家目录（由 ~ 表示）中，且你没有root权限（由 $ 表示）。

3）对于linux不熟悉的同学，建议同时打开文件管理界面，类似于windows文件夹，更容易理解。

曙光智算首页顶部菜单->数据管理-->文件管理。
出现的/work/home/aclvypcf4t路径和上面的~相对应

4)建立文件夹soft，用来安装软件
在命令行界面，输入mkdir soft，回车
在命令行界面，输入ll命令（也可以写做ls -l，list long,长格式列出当前文件夹下的所有文件和文件夹），观察现有的文件夹，发现出现了一个soft的文件夹
在文件管理界面，点击右上角的刷新符号，同样可以看到出现了soft文件夹。


5)进入文件夹soft
在命令行界面，输入cd soft，回车，可以看到出现如下代码
[aclvypcf4t@login02 soft]$
~变为了soft，表示文件夹切换到了soft中


6)上传需要的FFTw和lammps安装文件，
在文件管理界面，进入到soft文件夹中，点击上传，本地上传，上传事先下载到本地电脑的fftw-3.3.8.tar.gz和lammps-12Dec2018.tar.gz

7）解压缩
在命令行界面，输入tar -xvzf fftw-3.3.8.tar.gz

在命令行界面，输入ll查看soft下的文件，可以看到出现了一个fftw-3.3.8的文件夹
在命令行界面，输入cd fftw-3.3.8，可以看到生成了很多文件。


w

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2。FFTw安装
安装FFTW会用到下面的三个命令

1. ./configure  #配置
   
2. make   #编译
   
3. make install #安装

复制代码

参考：https://www.cnblogs.com/wcxia1985/p/17853846.html
2.1配置
这一步一般用来生成 Makefile，为下一步的编译做准备，你可以通过在 configure 后加上参数来对安装进行控制，比如代码:./configure –prefix=/usr 意思是将该软件安装在 /usr 下面，执行文件就会安装在 /usr/bin （而不是默认的 /usr/local/bin),资源文件就会安装在 /usr/share（而不是默认的/usr/local/share）。同时一些软件的配置文件你可以通过指定 –sys-config= 参数进行设定。有一些软件还可以加上 –with、–enable、–without、–disable 等等参数对编译加以控制，你可以通过允许 ./configure –help 察看详细的说明帮助。
./configure --prefix=/home/***/fft/fftw-3.3.10/build  #安装的目录

这个目录可以通过进入到目标目录，输入pwd，获取当前目录得到
有几个命令需要学习

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解压lammps
进入解压好的文件内到src/MAKE文件夹
vi 打开Makefile.mpi
在里面修改FFTW函数库的路径

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module load mpi/intelmpi/2018.4.274

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  131  make clean-all
  133  ./configure --prefix=/work/home/aclvypcf4t/soft/fftw
  134  make
  135  make install
  137  cd ..
  139  cd fftw
  141  pwd
  142  cd ..
  144  which fftw
  145  whereis fftw
  146  which fftw-3.3.8
  147  cd fftw

  149  pwd

  174  rm lammps-12Dec18 -r
  176  tar -xzvf lammps-12Dec2018.tar.gz
  178  cd lammps-12Dec18/src/MAKE/
  179  vi Makefile.mpi
  180  cd ..
  181  make


取消前面的module环境变量 ，列出当前可用的
  182  module purge
  183  module avil

加载欲使用的 mpi库和inter编译器
  184  module load mpi/intelmpi/2018.4.274
  185  module load compiler/intel/2018.5.274

安装lammps
  186  make mpi


建立一个work文件夹，并把 仿真文件夹melt和  lmp_mpi仿真程序拷贝到当前文件夹下
  194  mkdir work
  196  cd work/
  198  cp ../soft/lammps-12Dec18/examples/melt melt -r
  200  cp ../soft/lammps-12Dec18/src/lmp_mpi .

进入melt文件夹，编辑里面的metl文件，并把lmp拷贝到该文件夹中
  206  cd melt/
  208  vi in.melt
  209  cp ../lmp_mpi .

使用lmp_mpi软件仿真in.melt文件
  213  ./lmp_mpi <in.melt

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下载https://www.ovito.org/  用于观察结果