python求光谱峰值和半峰宽

gaohaikuo1

1. import os
   
2. import numpy as np
   
3. import csv
   
4. 
   
5. def traverse_folder(folder_path):
   
6.     # 遍历文件夹下的所有文件和子文件夹
   
7.     data = [["file","peak wavelength(nm)","half width(nm)"]]
   
8.     for root, dirs, files in os.walk(folder_path):
   
9.         for file in files:
   
10.             # 判断文件后缀是否为 .txt
    
11.             if file.endswith('.txt'):
    
12.                 file_path = os.path.join(root, file)
    
13.                 print(file_path)  # 可根据需求进行处理
    
14.                 peak,width = find_peak_and_width(file_path)
    
15.                 data.append([file_path,peak,width])
    
16.       # 指定CSV文件路径
    
17.     #print(data)
    
18.     file_path = 'data.csv'
    
19. 
    
20.     # 打开CSV文件并写入数据
    
21.     with open(file_path, mode='w', newline='') as file:
    
22.         writer = csv.writer(file)
    
23.         writer.writerows(data)
    
24.     print("数据已成功存入CSV文件。")        
    
25.                
    
26. def find_peak_and_width(file_path):
    
27.     # 读取光谱文件数据
    
28.    # data = np.loadtxt(file_path,dtype=str,usecols = 7)
    
29.     data = np.array(read_variable_columns(file_path))
    
30.     #print(type(data))
    
31.     # 提取光谱曲线的 x 和 y 数据
    
32.     x = data[:, 0]
    
33.     y = data[:, 1]
    
34.     # 使用SciPy的find_peaks函数找到光谱曲线中的峰值
    
35.     peaks = np.array([np.argmax(y)])
    
36. 
    
37.     # 获取峰值波长和半峰宽
    
38.     peak_wavelength = x[peaks[0]]
    
39.     half_max_value = y[peaks[0]] / 2
    
40.     half_max_left, half_max_right = peak_widths(y, peaks, rel_height=half_max_value)
    
41. 
    
42.     # 打印峰值波长和半峰宽
    
43.     #print("峰值波长: {:.3f}".format(peak_wavelength))
    
44.    # print("半峰宽: {:.3f}".format(x[half_max_right] - x[half_max_left]))
    
45.     return peak_wavelength,x[half_max_right] - x[half_max_left]
    
46.    
    
47. 
    
48. def peak_widths(y, peaks, rel_height):
    
49.     i = peaks[0]
    
50.     while y[i]>rel_height:
    
51.         i=i-1;
    
52.     half_max_left = i;
    
53.     i = peaks[0]
    
54.     while y[i]>rel_height:
    
55.         i=i+1;
    
56.     half_max_right = i;
    
57.     return half_max_left, half_max_right
    
58. 
    
59. def read_variable_columns(file_path):
    
60.     # 存储每一行的数据
    
61.     data = []
    
62. 
    
63.     # 打开文件并读取行数据
    
64.     with open(file_path, 'r') as file:
    
65.         reader = csv.reader(file, delimiter='\t')
    
66.         
    
67.         for row in reader:
    
68.             #print(row)
    
69.             data.append(row)
    
70.     data = [[float(value) for value in row] for row in data[14:]]
    
71.     #print(data)
    
72.     return data
    
73. 
    
74. 
    
75. 
    
76. traverse_folder('spectrum')
    

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